El agua dulce de los ríos y lagos como las aguas saladas de los (mares y océanos) soportan los efectos perjudiciales de la contaminación. En primera instancia, la presencia de partículas sólidas, sustancias químicas, y agentes nocivos que deja en riesgo la supervivencia de las especies que viven en aquellas fuentes, afectando y destruyendo su medio.
Los recorridos fluviales logran recuperar su estado natural solo si la contaminación ha sido causada por sustancias orgánicas biodegradables. Este procedimiento se llama autodepuración y es llevado a cabo por bacterias aeróbicas que desintegran los restos orgánicos. Se logran apreciar tres espacios en el curso de un río. La primera se conoce como la degradación y es la que toma las sustancias contaminantes. La segunda corresponde a desintegración activa, dónde existe la presencia de agua putrefacta por la gestión bacteriana.
Por último tenemos la recuperación y allí el agua recobra su estado normal. Este procedimiento no logra existir si los contaminantes son derramados constantemente, si se agregan compuestos que sean no biodegradables o si el equilibrio de los agentes biológicos contaminantes se encuentra por arriba del caudal del río.
Con relación a los lagos, al no tener corrientes, el equilibrio de autodepuración es menor y consigue necesitar muchos años en limpiarse. Haciendo muy vulnerable esta zona. Asimismo, tienen riesgo de aguantar eutrofización, siendo la degradación por la abundancia de nutrientes, lo que se origina frecuentemente por el riego de residuos con cantidades de nitrógeno y fósforo. Se estima que los nutrientes producen el crecimiento abundante de las plantas marítimas que, al morir, agotan el oxígeno del agua y terminan con la vida submarina.
Cuando la contaminación alcanza el subsuelo
El daño del agua subterránea, de la que se suministran millones de hogares y los espacios de cultivo del mundo, incorpora un grave inconveniente socioeconómico y lo peor de todo medioambiental.
El filtrado a los abonos químicos de alta disolución y los acuíferos de nitratos tiene un importante agente contaminante en llanuras de gran actividad rural.
Los acuíferos subterráneos forman una fuente de agua que gracias a sus características particulares llegan a un fácil agotamiento e insuficiente renovación, soportando una contaminación más grave y no consiguen autodepurarse como realizan las corrientes fluviales. El motivo de ello son los flujos de agua, que no tienen turbulencias y son lentos.
Por esta razón, los contaminantes no se disuelven ni se disipan con la misma seguridad con que lo realiza las aguas superficiales. Otro rasgo de los acuíferos es que carecen del suministro de oxígeno atmosférico.