Estudios revelan que la sobreexplotación ha sido el inconveniente principal para los ecosistemas marinos, resulta afectando directamente a las poblaciones de peces generando un desequilibrio en los arrecifes. Por ejemplo, cuando se pesca con exageración una especie de pez que consumen erizos, se produce una sobre población de erizo, que al mismo tiempo acelera el desgaste del arrecife.
La pesca en los últimos años ha incrementado brutalmente para compensar la demanda mundial. Se extraen cerca de 87 millones de toneladas de pescado anualmente a nivel mundial, mucho más alto que el límite sostenible. Por esto es preciso crear estrategias para controlar la pesca mundial. Se ha dado a conocer que las redes de arrastre son un verdadero desastre. Son fuertemente destructivas para los arrecifes debido a que cogen todo tipo de especies de forma masivas. Una vez que se acaban los recursos de ese lugar, estos pescadores comienzan a busca otro espacio más rico.
El desarrollo industrial de los espacios costeros, así como el desarrollo de urbanizaciones y ciudades costeras, igualmente amenaza la vida en el mar. La costa española ha crecido de manera incontrolada, dejando en peligro aún más la costa. En algunos sitios del mundo se continúa con la complicada pesca con dinamita o inclusive se dinamitan los arrecifes para extraer las piedras y diferentes materiales de construcción. Además, se considera que el exceso de nutrientes nitrogenados derivados por los abonos del campo y derramados al mar hace incrementar determinados tipos de algas, lo que produce un bloqueo de luz solar que evita el desarrollo del coral.
Los derrames contaminantes aparentan otra amenaza, hay que comentar que los efectos de vertidos como de la Erica, Exxon Valdez, o Prestige, son más perjudiciales por aquellas industrias no controladas que envenenan día tras día llevando a la vida marina a la muerte.
El arrecife artificial
Se desea crear un arrecife natural con una estructura en hormigón o que sea de otro material de manera estratégica para mejorar la vida marina. Sus huecos funcionan de refugio a las diferentes especies de fauna y flora marina. Igualmente, sirve para ello un barco hundido o inclusive aviones o camiones previamente descontaminados.
El procedimiento de colonización inicia al poco tiempo del naufragio, hasta estar totalmente habitado y sólido en unos diez años. Los arrecifes artificiales minimiza la presión humana que genera los arrecifes naturales al crear nuevos espacios para dar paso a la vida submarina.